Hi,大家好,我是大轩！在检索和筛选GEO数据集时，我们常常需要阅读大量相关文献和相关描述，以找到符合我们研究需求的数据。但是，由于GEO检索结果的数量巨大，GEO数据库的数据质量也参差不齐，这个过程往往费时费力。

但是，别担心！今天我要和大家分享一套基于Python和FlowUs的文献管理工作流，帮助大家打造沉浸式的文献阅读体验，提高GEO数据筛选效率。

嘿嘿，大轩还要特别感谢小丫画图提供的原始Python代码，并向大家推荐小丫画图。小丫画图已经开展了五年的众筹模式，众筹了310个FigureYa，每一个图的颜值都超高哦！如果你对数据可视化和科研图表的设计感兴趣，赶快去了解一下小丫画图众筹模式吧！说不定你还会得到一些灵感和启示呢~

(相关资料图)

Python帮你检索文献

在小丫画图的原始代码基础上，大轩主要做了如下更新：

多线程处理：使用了ThreadPoolExecutor多线程处理每个文章ID，加快了程序的运行速度，更高效地获取结果。

从本地文件匹配期刊影响因子，方便研究人员更好地把握文章水平。

接入谷歌翻译和百度翻译对标题进行自动翻译，方便研究人员更快速地阅读文献。

一些代码注释和细节优化，致力于打造沉浸式的文献管理生态。

这样一来，我们可以利用Python代码快速检索GEO数据库相关文献并进行影响因子匹配和标题翻译等自动化处理，从此解放双手，快捷高效，极大地提高了我们的研究效率。

嘿嘿~你想知道怎么获取代码，来看小丫画图的微店哦：FigureYa104GEOmining。当你拍下链接后，小丫老师会通过邮件的方式将代码发送给你~

哦，你还想知道如何进行检索？这里大轩要说：大轩已经将Python代码优化好了，你需要做的只是制定好检索式，并替换原代码片段:

(gds pubmed[Filter]) AND "myocardial ischemia reperfusion injury" AND "Homo sapiens"[orgn:__txid9606]

即可一键进行检索。是不是心动了呢？赶紧试试吧！

更多检索式构建方法以及代码运行方法，请阅读小丫画图的这篇文章：做ATAC-seq实验的文章，发到了几分？批量获取，爽歪歪。

当然，如果你需要更多的帮助，欢迎在公众号大轩的成长花园里留言喔！大轩将努力帮助你打造丝滑的文献管理生态~

大轩碎碎念

当然啦，大轩会把更新后的一些注意事项告诉你，保证你一学就会！

一些账号和API申请

注册NCBI账号

很简单的，大轩是直接使用微软账号登录的，你也可以。

申请NCBI API

嘿嘿，大轩的高中数学老师@王老师说“一图胜千言”，这里大轩给大家看图 ：

注册并登录NCBI账号：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/myncbi/

进入Account settings页面

点击Create an API Key即可获得你的专属NCBI API

如果需要更换NCBI API，可点击Replace

需要注意的是，NCBI可能需要对您的应用程序进行一些审核和验证，以确保其符合NCBI的使用政策和规定。因此，您需要了解NCBI相关的规则并遵守它们，以确保您的API申请顺利通过。

申请百度翻译API

这个就很平淡啦！大轩推荐大家去看计算机物语的这篇文章：百度翻译平台注册方式。

谷歌翻译和百度翻译的区别

嘿嘿，这里大轩更倾向于谷歌翻译！但是由于谷歌翻译已经于2022年退出中国大陆市场，大轩也增加了百度翻译供大家使用。大轩认为，两者均可使用：

谷歌翻译，权威可靠

百度翻译，稳定高效

一些实践

嘿嘿，小丫画图的这篇文章以及讲得很清楚了，参见：做ATAC-seq实验的文章，发到了几分？批量获取，爽歪歪

大轩给大家介绍本地文件匹配影响因子的注意事项：一定要有将impact_factor.csv文件放在与Python代码同名的文件夹下,如Fig.小丫画图GEO数据检索所示。

Fig.小丫画图GEO数据检索

FlowUs帮你管理文献

嘿嘿，上期为大家介绍了FlowUs AI：生信代码注释神器，这次大轩和大家分享在前期Python批量检索GEO相关文献后，基于FlowUs Database来管理这些文献。

来玩FlowUs Database

将Python检索结果导入FlowUs中,如图：

点击左侧把手，将导入的简单表格转换为多维表，如图：

关闭页面宽度和页面目录的设置，使多维表易于阅读与编辑，如图：

沉浸式文献管理

了解最新文献

你可以在Year一栏使用降序，把最近发表的文献排在前面，方便你了解相关研究历程与趋势，如图：

星标功能快速备注

在FlowUs Database中，你可以使用星标功能对某篇文献进行重要等级的星标备注，如图：

当然，你可以设置多种样式，FlowUs给我们的文献管理带来了极大地自由度，剩下的交给你自行探索，如图：

多维度管理

你可以用过单选为文献条目添加相应的阅读标签，比如我的目前标签有已排除文献和读不懂（你问为什么只有两个，当然是因为我读的文献太少啦！），如图：

如何管理呢？

一种是创建看板视图，一目了然，如图：

另一种是使用FlowUs Database的筛选功能，如图：

文献数据备注

你可以自定义的为文献条目添加备注，比如病理环节、数据备注、方法备注等，如图：

更多丝滑体验

点击PMID和GEO accession即可跳转到对应的PubMed相关网页和GEO数据集的相关信息，如图：

更多沉浸式阅读体验，请关注大轩后期即将分享的《Python+FlowUs：沉浸式的文献阅读体验（下）》~

当然，关于如何检索文献以及zotero文献管理生态和FlowUs使用心得，大轩之前还分享了“Publish or Perish 8”！一站式多数据库SCI检索神器！，感兴趣的朋友可以看看哦！

大轩邀请你来玩FlowUs

大轩的邀请码：JG02WW

大轩的邀请链接：大轩邀请你来玩FlowUs

参考资料

自从读了这里分享的文献，发了20多篇10分paper

做ATAC-seq实验的文章，发到了几分？批量获取，爽歪歪

FigureYa104GEOmining

百度翻译官网

百度翻译平台注册方式

Google翻译退出中国：附访问方法

FlowUs官网

FlowUs AI 再升级，参与整活大赏，1万次 AI 次数等你来拿！

NCBI官网

往期精彩

来玩“Publish or Perish 8”！一站式多数据库SCI检索神器！

来玩！FlowUs AI：生信代码注释神器~

嗨，我是大轩，这里有我的一些学习与科研历程中的点滴记录与复盘，大轩诚挚邀请你与大轩一同努力，携手并进，共同见证我们彼此的成长之路。欢迎添加大轩的微信，让我们分享彼此的知识，交流彼此的心得，共同成长。大轩的微信号：daxuan111000

嘿嘿~希望今天的分享对你有所帮助！欢迎点赞、收藏、转发喔！

什么？你想知道我是如何上手Python并进行个性化的代码修改的？那请点赞、转发、关注并在公众号后留言，让我来告诉你，我们一起探索！